5 октября 2006, по указанию главы государства, Владимира Путина, своей должности лишился Дмитрий Михайлов, глава МВД Карелии, а также руководитель местного УФСБ, Алексей Дорофеев. Такая же участь постигла и Владимира Панасенко, генерального прокурора Карелии. Решение отстранить его исходило от генерального прокурора России.

Сергей Миронов, председатель Совета Федерации, также намекал на необходимость перестановок в органах власти Карелии. Они посетил Петрозаводск 3 октября. Он раскритиковал местное ФСБ за полную неосведомленность, а также МВД за неуважение к национальным интересам.

События Кондопоги всколыхнули российские окраины. Местное население все чаще начало склоняться к силовому решению межэтнических конфликтов. Например, в середине 2007 года, в Ленинградской области местная радикальная молодежь начала нападать на таджикских рабочих.